人工(gōng)智能助力医疗,精准找出(chū)治病物质
在制药(yào)过(guò)程中,药物被淘汰(tài)的(de)原因众多,其(qí)中(zhōng)之一就在于其对细胞色素P450的消极(jí)抑(yì)制(zhì)作用。细(xì)胞色素P450是一组主(zhǔ)要在(zài)肝脏中产生的酶(méi),通常(cháng)被(bèi)称为CYP450,参与分解化学物质,防止(zhǐ)它们在血(xuè)液中积累到危险的水平。然(rán)而,事实证明,许(xǔ)多实验药物都(dōu)能抑制CYP450的产生,这种(zhǒng)的副作用会使(shǐ)药物对(duì)人体产生毒(dú)性。
制药公司一直依赖于(yú)传统医(yī)学工具来预(yù)测(cè)药物是否(fǒu)会抑制患者体(tǐ)内的CYP450,比如在试(shì)管中进行(háng)化学分析,观察CYP450与具(jù)有化学相似性的药物之(zhī)间的相互作(zuò)用,以及在小白鼠身上进行(háng)实(shí)验。但是(shì)这样的(de)预测可能(néng)并不准确。在某(mǒu)些情况下,CYP450相关毒性只有在人体试验(yàn)中才会被(bèi)发现,导致付诸的(de)金钱(qián)多年的努力白费。就在这个关(guān)键时刻,AI制药重(chóng)新进入了大众(zhòng)视野。
弥补传统制药弊端,AI制药(yào)效率大幅(fú)提高
制药的低效率引(yǐn)出(chū)了一个更(gèng)严(yán)肃的问题(tí):至(zhì)少20年(nián)来,价值1万亿美(měi)元的(de)全球制药行业(yè)一直处于药物(wù)开(kāi)发低迷、生产率下滑的状态。制药(yào)公司(sī)的金钱投入越(yuè)来越多——10家最大的制药公司现(xiàn)在每年花费近800亿美元(yuán)——研(yán)发出的有效药物却(què)越来越少。十(shí)年(nián)前,若投入一美(měi)元来研发(fā)药物,就能收到10美分的回报;如(rú)今,收益率却不足2美分。某种程(chéng)度(dù)上,这是因为用(yòng)于治疗常见疾病(bìng)的药物都(dōu)已经找到了,只(zhī)剩下(xià)开发用(yòng)于解决(jué)复杂疾病(bìng)的(de)药物,这些药物只能治疗一小部分人的疾病,因此能够获得的收益(yì)也要少得(dé)多(duō)。
根据塔夫茨药物开发研(yán)究中心的数据,近年来,药(yào)物上市的平均成本几乎翻了一番,达到26亿美元之多。药物从在实(shí)验室中(zhōng)诞生到流入市(shì)场(chǎng)的(de)时(shí)间线(xiàn)被(bèi)延长到了12年,而有90%的药物(wù)在人体(tǐ)试验的阶段就(jiù)被淘汰(tài)。
因此(cǐ),研究人员对AI在药(yào)物研发方(fāng)面(miàn)的(de)高涨热(rè)情也就不足(zú)为奇了。用户只需(xū)要给AI工具提供样本(某种分子结构)和相(xiàng)应的(de)解决方(fāng)案(分子最终如何被(bèi)制成药物),它(tā)们就可以开发(fā)自(zì)己的(de)计算方法来快(kuài)速产(chǎn)生相似(sì)的制药方案。
AI(右)能(néng)更(gèng)准(zhǔn)确地找到致病肿(zhǒng)瘤
大多数(shù)机器学习程序可以处理小数(shù)据集,而深度学习(xí)程(chéng)序可以处理大量原始的、非结构化的数据。一个深度学习的版本可以(yǐ)从(cóng)未标记的(de)细胞图像中进行分子结构辨(biàn)识,不(bú)过,它可能需要查(chá)看上百万个细胞(bāo)样本才能做到(dào)这一点。
最终,AI将(jiāng)在以下几个方面改善药物开发:1.识别更有效的候(hòu)选药物(wù);2.提(tí)高药(yào)物测试的“命中率”,即通过临(lín)床(chuáng)试验并获得监管(guǎn)批准的候选人(rén)的百(bǎi)分比;3.加速整个制(zhì)药过程。
百时美(měi)施贵宝(Bristol-Myers Squibb)最近部署了一个机(jī)器(qì)学习程(chéng)序,该程序经(jīng)过训练,已能够在大量细胞样(yàng)本中(zhōng)发现(xiàn)与(yǔ)CYP450抑制效用相(xiàng)关的分子结构。Saha说,该(gāi)程(chéng)序将测试准(zhǔn)确率提高到95%,与(yǔ)传(chuán)统方法(fǎ)相比,失败率降低近(jìn)6倍(bèi)。这些结果帮助(zhù)研(yán)究人员迅(xùn)速筛选出可(kě)能有(yǒu)毒的药物,转而关注那(nà)些有更大希望通过多(duō)项人体(tǐ)试验、获得美国(guó)食品和(hé)药物(wù)管理(lǐ)局批准的候(hòu)选药物。礼来(Eli Lilly)首席数(shù)据和分析(xī)官维平•戈帕(pà)尔(Vipin Gopal)表示:“在我(wǒ)们(men)进行投资之(zhī)前,AI就能帮(bāng)助(zhù)我们在早期排除(chú)掉那些(xiē)潜在的无效用药物。”
人工智(zhì)能软件可以预测哪些化(huà)合(hé)物可能与目标蛋白结合,以帮助缩小候选药物的范围
生物医学研(yán)究人员认识到,像癌症和阿尔茨海默病等(děng)这(zhè)般复(fù)杂的疾病所涉及(jí)的涉及蛋白质达数百种(zhǒng),如果研发的(de)药物只攻击其中一(yī)种蛋白质,则不太可能对整(zhěng)个病毒本身造(zào)成破坏。Kurji解(jiě)释说,Cyclica正试图寻找能与几十(shí)种目标蛋(dàn)白相互作用的单个化合物(wù),同时避免与其他蛋白相互(hù)作用。他补充说,目前正在开发的AI 程序旨在将大量(liàng)关于蛋白(bái)质变异(yì)的遗传数(shù)据整合在一起,这样AI助手就可以检(jiǎn)测出哪些候选药物最有效。
苏格兰邓迪大学医学信(xìn)息学教授安德鲁•霍普金斯(Andrew Hopkins)提(tí)出(chū)了ex唯(wéi)科学算(suàn)法,这个算法只需分析10个蛋白质数据就能得(dé)到有(yǒu)效信息。它将目(mù)标(biāo)蛋白的(de)生物数据与大约10亿个蛋(dàn)白质相(xiàng)互作用的数据库进行比较。生成的新数据被输入到程序中,程序再次对列表(biǎo)进行精简,并分析(xī)另一轮(lún)所需的数(shù)据。这个过程重复进行,直(zhí)到(dào)程(chéng)序准备好生成一个易于管理的化合物列表,而这些化合物正(zhèng)是目标(biāo)药(yào)物的良好候选。
霍普(pǔ)金(jīn)斯声称(chēng),ex唯科学的算法可以(yǐ)将(jiāng)药物的发现时间(jiān)从4.5年缩短到1年,将发(fā)现成本降低80%,合成化合物的数量也会减少(shǎo)到通常生产一种(zhǒng)成功药物所(suǒ)需的五分之一。目前(qián),他正与生物科技(jì)巨(jù)头(tóu)Celgene合作,努力为(wéi)三个(gè)目标寻找新的潜在药(yào)物。
精确定位目标蛋白!
为了(le)发(fā)现可(kě)能致病(bìng)的(de)蛋白质(zhì),生物制(zhì)药公司Berg也利用AI助手来(lái)筛(shāi)选人体(tǐ)组织样本的(de)生(shēng)物信息。Berg软件的方法是把从病人(rén)的组织样(yàng)本、器官液体和(hé)血样中提(tí)取的(de)每(měi)一份(fèn)数据都输入程序。样(yàng)品中的活细胞被用(yòng)于各种实验,如测试其高葡萄(táo)糖水平。这种方(fāng)法生成多(duō)种数据,涵盖细胞(bāo)产生能(néng)量的能力和细胞膜的硬度。
然后(hòu),所(suǒ)有的数据都通过一(yī)系(xì)列深度(dù)学习程序运行,这些程序(xù)寻找非疾病状(zhuàng)态和疾病状态之(zhī)间的特征差异(yì),最终着(zhe)眼(yǎn)于那些含毒(dú)性的蛋白(bái)质(zhì)。在某些(xiē)情况下,这(zhè)些蛋(dàn)白(bái)质(zhì)可能(néng)成为靶标,这时(shí)Berg的AI软件就可以寻找药物来攻(gōng)击这些靶(bǎ)标。更重要的是,因为该软件可以识别目标似乎只在一小部分(fèn)患(huàn)者身(shēn)上(shàng)引(yǐn)起疾病,所以(yǐ)它可以识(shí)别(bié)这些患者(zhě)的区别性特(tè)征。这(zhè)意味着(zhe)患者可以在(zài)服用药物(wù)之前进行测(cè)试,以(yǐ)确(què)定(dìng)药物是否可能对他们有效。
目(mù)前,Berg正在与(yǔ)制药巨头阿斯利(lì)康(AstraZeneca)合作,寻找治疗帕金森(sēn)氏症和(hé)其他神经系统疾病的目标,并与赛诺菲巴斯德(Sanofi Pasteur)合作,以改(gǎi)良流感疫苗。Berg软(ruǎn)件已经确定了(le)诊断测试的机制,可(kě)以(yǐ)区分前列(liè)腺癌和良(liáng)性前(qián)列腺肥大症,而这(zhè)些病(bìng)症如果不(bú)做手术则(zé)很难区(qū)分。